Honig an sich ist ein biologisches Produkt und kommt, von kleinen Reinigungsbehandlungen einmal abgesehen, naturverbunden ins Glas. Die Blütenpollen, von denen sich die Bienen ihren Nektar holen, stammen hauptsächlich aus der Umgebung des Stocks. Zumindest ist das bei den kleinen Imkereien so der Fall. Bei Industrieprodukten verhält es sich oft anders – hier wird nicht selten Honig importiert. Viele Verbraucher vermuten zudem, dass Honig nicht immer naturrein in den Handel kommt, und greifen bevorzugt auf Bio-Honig zurück.
Bedingt durch Eingriffe in die Natur oder durch den allzu sorgenfreien Gebrauch von Schädlingsbekämpfungsmitteln, kann es durchaus vorkommen, dass sich entsprechende Rückstände, wenn auch in geringer Menge, im Honig befinden. Um biologischen Honig, der später mit einem Zertifikat versehen in den Handel kommt, herzustellen, gibt es feste Richtlinien. Diese beginnen bereits mit dem Bienenvolk, das möglichst nur aus der Europäischen Honigbiene bestehen sollte. Die Stöcke dürfen in einem drei Kilometer großen Umkreis fast ausschließlich nur von Pflanzen umgeben sein, die aus ökologischen Kulturen stammen. Genmanipulierte Pflanzen dürfen nicht als Nektarquelle dienen. Selbstverständlich sind während der Zeit, in der Honig gewonnen wird, chemische Einflüsse untersagt. Außerdem müssen die Bienen zur Überwinterung genügend Honig als Futtervorrat behalten dürfen und eine Zufütterung ist nur im Notfall erlaubt und auch dann nur mit Bio-Honig bzw. Bio-Sirup oder Öko-Zucker. Bei einer eventuellen Erkrankung des Bienenvolkes sind ausschließlich speziell zugelassene Tierarzneien erlaubt. Imker, die Bio-Honig anbieten, verwenden dann nach Möglichkeit organische Säuren. Unter bestimmten Umständen müssen die Behörden über eine Erkrankung und deren Behandlung informiert werden. Im Übrigen werden Bio-Imker streng kontrolliert und müssen an einer Schulung teilnehmen, bevor sie ihrer Imkerarbeit nachkommen dürfen.
Da der Begriff „Bio“ oder „Öko“ vom Gesetzgeber geschützt wurde, muss auch die weitere Verarbeitung vom Weg aus der Bienenwabe bis ins Glas nur nach umweltschonenden Aspekten erfolgen. Die Verpackung darf dann ein Bio-Siegel tragen.